Nell'universo immaginario di Yu-Gi-Oh!, c'è un gioco di carte molto conosciuto che si chiama Duel Monsters ed è stato creato da Maximilian Pegasus (Pegasus J. Crawford). Il giocatore, chiamato "duellante", evoca mostri e attiva magie e trappole attraverso la tecnologia del Duel Disk per mettere in atto varie strategie per sconfiggere l'avversario nel duello. Un duello inizia con l'assegnazione ad ognuno dei contendenti di un totale di 4000 o 8000 life points, che può essere diminuito dagli attacchi dei mostri dell'avversario o dalle abilità speciali delle singole carte. L'obiettivo è di ridurre a zero i life points dell'altro contendente e quindi essere dichiarato il vincitore. Sebbene concepito come un semplice gioco di carte, le radici del Duel Monsters affondano nella mitologia, e molti vogliono carpirne i mistici segreti per i propri interessi personali.
Yu-Gi-Oh! GX inizia 10 anni dopo gli eventi di Yu-Gi-Oh!, con il protagonista, Jaden Yuki, che ottiene la carta Kuriboh Alato da Yugi Mutou, il famoso campione di Duel Monsters, mentre si reca all'esame di ammissione dell'Accademia del Duellante (Duel Academia (デュエル・アカデミア, Dyueru Akademia?) nella versione originale giapponese).
L'Accademia era stata creata da Seto Kaiba su una sperduta isola nei mari del Sud, con i suoi dormitori chiamati con i nomi delle carte delle Tre Divinità Egizie, e gestita dal Cancelliere Sheppard e dal suo staff. Il dormitorio più sfarzoso, l'Obelisk Blu (オベリスク・ブルー, Oberisuku Burū?), prende il nome da Obelisk il Tiranno. Questo dormitorio può essere raggiunto con le promozioni scolastiche, ma il solo modo per entrarvi al primo anno è di esser stato iscritto e aver fatto bene in una scuola elementare affiliata (solo nella versione inglese). In quanto miglior alloggio studentesco, le strutture dell'Obelisk Blu sono di qualità elevatissima, paragonabili ai migliori hotel e ristoranti del pianeta. Il dormitorio centrale, il Ra Giallo (ラー・イェロー, Rā Ierō?), prende il nome dal Drago Alato di Ra. Chi ha ottenuto i punteggi più alti all'esame di ammissione, o si è comportato mediocremente durante la scuola elementare verrà assegnato a questi alloggi che, sebbene non eccezionali come l'Obelisk Blu, sono molto puliti e hanno strutture ben mantenute e vitto di una qualità molto distante da quella che si può permettere una persona con uno stipendio nella media. Il dormitorio più scadente, lo Slifer Rosso (Osiris Red (オシリス・レッド, Oshirisu Reddo?) in giapponese), prende il nome da Slifer Drago del Cielo. Chi ha fallito completamente l'esame o ha riportato punteggi molto bassi è destinato a questi alloggi scadenti.
Ci sono altre quattro succursali dell'Accademia del Duellante, nel Nord, nell'Est, nel Sud e nell'Ovest, anche se nell'anime è stata fatta vedere solo quella del Nord.
Per i primi due anni all'Accademia del Duellante, i personaggi principali affrontano i più svariati pericoli, inclusi i Cavalieri delle Ombre, che vogliono riportare in vita le Bestie Sacre tramando per ottenere una forte concentrazione di duelli nell'isola, come anche la Società della Luce, che intende schiavizzare l'umanità attraverso il controllo della mente operato con un satellite di proprietà del regno di Misgarth.
1° serie: Le Bestie Sacre
Episodio 001 - Il Prossimo Re Dei GiochiEpisodio 002 - Benvenuti All’Accademia Del DuellanteEpisodio 003 - Duello D’AmoreEpisodio 004 - Avversario Quasi Per CasoEpisodio 005 - Il Duellante Delle OmbreEpisodio 006 - Tra Realtà E IllusioneEpisodio 007 - Punizione InattesaEpisodio 008 - Una Sfida Per Un AmicoEpisodio 009 - Affari Di FamigliaEpisodio 010 - Gioco Di SquadraEpisodio 011 - Mai Darsi Per VintiEpisodio 012 - La Formula Del SuccessoEpisodio 013 - La Scimmia DuellanteEpisodio 014 - Uno Spirito IndesideratoEpisodio 015 - Duello GalanteEpisodio 016 - Il Gigante Dei DuelliEpisodio 017 - Duello Nella ForestaEpisodio 018 - Il Re Dei CopioniEpisodio 019 - Strategie In PrestitoEpisodio 020 - Il Segreto Di BlairEpisodio 021 - La Grande SfidaEpisodio 022 - Un Duello AvvincenteEpisodio 023 - Il Piccolo BelowskiEpisodio 024 - L’Accademia Del NordEpisodio 025 - La Sfida AnnualeEpisodio 026 - Una Pesante ResponsabilitàEpisodio 027 - Rovine MisterioseEpisodio 028 - La Prova di JadenEpisodio 029 - Minaccia All’OrizzonteEpisodio 030 - Draghi In AzioneEpisodio 031 - La Signora Dei VampiriEpisodio 032 - Zane Contro CamulaEpisodio 033 - Jaden Contro Le TenebreEpisodio 034 - Jaden Contro KaibamanEpisodio 035 - Fratelli RivaliEpisodio 036 - DistrazioniEpisodio 037 - La Tigre e L’AmazzoneEpisodio 038 - Il Sottomarino Dei DuelliEpisodio 039 - I Dark ScorpionEpisodio 040 - Il Duellante RisvegliatoEpisodio 041 - Amore FraternoEpisodio 042 - Duello In CostumeEpisodio 043 - Giocatore D’AzzardoEpisodio 044 - In Cerca Del ProfessoreEpisodio 045 - Sfida Nel Dormitorio AbbandonatoEpisodio 046 - Il Segreto Di AmnaelEpisodio 047 - La Cotta Di ChazzEpisodio 048 - Il Risveglio Delle Bestie SacreEpisodio 049 - Duello DecisivoEpisodio 050 - Un Sogno Si RealizzaEpisodio 051 - Il Duello Dell’AnnoEpisodio 052 - I Migliori Dell’AccademiaEpisodio 053 - Il Rientro A ScuolaEpisodio 054 - Il Primo Duello Ufficiale2° serie: La Luce di DistruzioneEpisodio 055 - La Guerra Di HassleberryEpisodio 056 - Una Paura Da VincereEpisodio 057 - Il DemoneEpisodio 058 - Una Nuova Schiera Di EroiEpisodio 059 - Un Gioco Nel TempoEpisodio 060 - Uno Spettacolo Di DuelloEpisodio 061 - Un Talent Scout All'AccademiaEpisodio 062 - Avventura CosmicaEpisodio 063 - Sfida Al Profumo Di SpezieEpisodio 064 - Duello Tra CameratiEpisodio 065 - Duello ClandestinoEpisodio 066 - La Foresta Dei RicordiEpisodio 067 - Dormitorio In PericoloEpisodio 068 - Gli Amici Neo SpazialiEpisodio 069 - Duello Ai VerticiEpisodio 070 - Obelisk BiancoEpisodio 071 - Duello SpazialeEpisodio 072 - Tattica DistruttivaEpisodio 073 - La Fonte Della ForzaEpisodio 074 - Principi E RanocchiEpisodio 075 - Sorpresi Dalla TempestaEpisodio 076 - Il Duello Sul GrattacieloEpisodio 077 - Jaden Contro T-BoneEpisodio 078 - Specchio, Specchio Delle Mie BrameEpisodio 079 - La Prova FinaleEpisodio 080 - Un Amore Di BambolaEpisodio 081 - Quiz Per Un DuelloEpisodio 082 - Personalità MagneticaEpisodio 083 - L'Invito Di SheppardEpisodio 084 - Il Rientro Di SheppardEpisodio 085 - Duello Contro Una Divinità Egizia - Un Drago Da SalvareEpisodio 086 - L'Arte Del Duello - Applausi A Scena ApertaEpisodio 087 - Accecato Dalla LuceEpisodio 088 - Tre Ojama Per Amici - Il Risveglio Di ChazzEpisodio 089 - La Forza Delle TenebreEpisodio 090 - Professionisti E DebuttantiEpisodio 091 - Carta PericolosaEpisodio 092 - Cercasi LavoroEpisodio 093 - Le Due Chiavi - Un'Amica Da SalvareEpisodio 094 - Cuore Di GhiaccioEpisodio 095 - Questione Di RispettoEpisodio 096 - E' Tutto RelativoEpisodio 097 - La Luce OscuraEpisodio 098 - Destino SupremoEpisodio 099 - Il Fattore ChiaveEpisodio 100 - La Promessa Di AsterEpisodio 101 - Il Doppio Volto Di SartoriusEpisodio 102 - Le Braccia Del GiudizioEpisodio 103 - Un Satellite Da FermareEpisodio 104 - Segni Del Destino3° serie: YubelEpisodio 105 - Ricomincia la scuola!Episodio 106 - La prima SfidaEpisodio 107 - Il ritorno di AsterEpisodio 108 - L'invenzione di ViperEpisodio 109 - Duello di fuocoEpisodio 110 - Una strana energiaEpisodio 111 - La festaEpisodio 112 - La furia degli elementiEpisodio 113 - Il nascondiglio segretoEpisodio 114 - Una scelta difficileEpisodio 115 - Il ladro di carte - Duello a senso unicoEpisodio 116 - La sconfitta di Trapper - Gioco di squadraEpisodio 117 - Un'entità misteriosa - La palude dei serpentiEpisodio 118 - Il segreto di Viper - Un nemico per JadenEpisodio 119 - All'ultimo respiro - Un viaggio misteriosoEpisodio 120 - Viaggio Interdimensionale - Braccio MisteriosoEpisodio 121 - Duello tra le Dune - Sottomarino ArenatoEpisodio 122 - I Duellanti-Zombie - Trasformazioni A CatenaEpisodio 123 - Zombie in Agguato - Combinazione PericolosaEpisodio 124 - Triplo Duello - Emozioni AlterneEpisodio 125 - Il Diversivo - Lo spirito di BannerEpisodio 126 - Il ritorno delle bestie SacreEpisodio 127 - Il drago conteso - Contatto TransdimensionaleEpisodio 128 - L'energia Dei DuelliEpisodio 129 - La Potenza Del DragoEpisodio 130 - Il risveglio del drago Arcobaleno - Una carta del PassatoEpisodio 131 - Tutti per UnoEpisodio 132 - Inizia un altro ViaggioEpisodio 133 - Il villaggio FantasmaEpisodio 134 - Il comandante dei demoni OscuriEpisodio 135 - La MappaEpisodio 136 - I cinque simboliEpisodio 137 - I dubbi di SyrusEpisodio 138 - La torre dei duelliEpisodio 139 - Il segreto di JimEpisodio 140 - Duello realeEpisodio 141 - L'ingannoEpisodio 142 - Cavaliere smascheratoEpisodio 143 - Il sacrificio di AxelEpisodio 144 - Il ritorno di AdrianEpisodio 145 - Sete di PotereEpisodio 146 - Conquistare il PassatoEpisodio 147 - Il duello della VitaEpisodio 148 - Lo spirito malignoEpisodio 149 - La fine di un'amiciziaEpisodio 150 - Sfida finaleEpisodio 151 - Energia interioreEpisodio 152 - La carta vincenteEpisodio 153 - Il ritorno del sovrano supremoEpisodio 154 - L'evoluzione di YubelEpisodio 155 - Il passato di Jaden
