In un mondo fantasy, tra gli esseri umani si nascondono demoni chiamati "yoma". Essi ci cibano delle viscere degli uomini, uccidendone tantissimi. Inoltre possono camuffare il loro aspetto, e sembrare loro stessi indifesi umani.
L'uniche persone che riescono a smascherarli e ucciderli sono le Claymore (dette anche "streghe dagli occhi d'argento"). Esse sono delle guerriere metà yoma e metà umane, create da una misteriosa Organizzazione. Grazie al loro sangue yoma hanno capacità di combattimento e forze superiori alla normalità, ma grazie alla loro mente e cuore umani non amazzano le persone e sono in grado di aiutarle. Eppure gli uomini hanno paura delle Claymore, e non mostrano a loro nessuna benevolenza o riconoscenza.
Claire è una claymore, e la storia inizia con uno dei suoi tanti incarichi. Deve scovare e uccidere uno yoma che di è infiltrato in un villaggio, uccidendone pian piano gli abitanti. In questo paese vive anche un ragazzo di nome Raki. I suoi genitori sono stati uccisi dallo yoma, e gli è rimasto solo il fratello maggiore. Il giovane, al contrario di tutti gli altri, non ha paura di Claire, anzi si mette a seguirla.
Ma una guerriera claymore, che può vivere solo per combattere, non può di certo affezionarsi a qualcuno...
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